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凯斯西储大学（CWRU）的研究人员对360名COVID-19患者的病毒感染进行了基因排序。他们发现SARS-CoV-2病毒有广泛的遗传变异，表明所有的个体感染都包括病毒的多种变体。研究人员指出，有关该病毒的报告通常强调一个单一的优势毒株。这导致了对病毒遗传变异的报道不足，并可能在公共卫生计划和反应中产生严重后果。

Ernest (Ricky) Chan说：“我们的工作使人们注意到传染病的复杂性，当只考虑感染中最丰富的病毒时，这种复杂性往往被过度简化，而且我们证明了研究历史上被认为是噪音的变异的重要性。”他是凯斯西储大学医学院克利夫兰计算生物学研究所的生物信息学核心主任。“我们看到在SARS-CoV-2感染中以低频率观察到的遗传变异可能是负责后来传播激增的新菌株的早期指标。”

这篇题为"COVID-19感染和传播包括复杂的序列多样性"的论文于2022年9月8日发表在《PLOS Genetics》杂志上。

凯斯西储大学的研究团队对俄亥俄州东北部250名患者的SARS-CoV-2病毒进行了全基因组测序。他们还使用了另外110名患者的类似数据，并通过国际研究合作者提供了感染病毒的全基因序列。

这些数据是在COVID-19大流行的早期开发的，当时Alpha变异体和随后的Delta变异体是主要关注点。这项工作显示，在Omicron BA.1和BA.2中发现的突变至少在Omicron及其许多迭代成为“关注的变体”之前一年就已经作为相对较小的变体存在。去年冬天，COVID-19的一次重大复发主要归因于Omicron和它自己的变体。

Peter Zimmerman说：“专注于全球研究界对病毒变体的多数共识，转移了对可能对COVID-19大流行病的持续演变做出重大贡献的遗传变体的注意力。”他是医学院病理学系的一名教授。“关注多数变异是开发诊断法、治疗法和疫苗的关键第一步，然而，研究界需要量化和报告出变异，以便公共卫生界和广大公众更好地准备和灵活地应对不断演变的病毒。”

在世界各地不断演变的SARS-CoV-2的过程中，人们继续做出很多努力来定义和跟踪病毒系的出现。为了节省时间，全球研究人员一直依赖于跟踪和报告相对占优势的变异。然而，鉴于单一感染中的多种变异，CWRU团队指出，重要的是报告更完整的病毒基因序列，以了解这些基因变化如何传播并可能与不同类别的病人状况相互作用，包括逃避根除努力。

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